Лингвисты до сих пор отвечают на нападки, почему нужно произносить «афера», а не «афёра». Путаница возникла из-за похожих слов, которые мы по привычке произносим через «Ё». Часто над ударной «Е» после согласной появляются две точки сверху. Допустим, имя Фёдор. Но если в этом имени всё оправданно, то в остальных словах не всегда. Свою лепту в распространение ошибки внесли и словари. В некоторых старых изданиях, например Большой советской энциклопедии, можно встретить вариант через букву «Ё» — «афёра». Это неправильно.
«Грамота.ру» рассказывает, что французское слово «афера» (от affaire) было зафиксировано в словарях русского языка в начале XIX века. Оно везде единодушно писалось через «Е». И, кстати, продолжает писаться, даже если кое-где можно встретить «афёру» с пометкой «разг.».